操作の流れ

1. アミノ酸配列に翻訳したい核酸（DNA, RNA）の塩基配列を「核酸の塩基配列」欄に入力してください。5′側から先に書いてください（3′側から先に書くと無意味な結果が出力されます）。
2. 翻訳する方向を選択してください。
3. 翻訳結果で「BZJ」の各文字を使うか否かを選択してください。
4. 「アミノ酸に翻訳する。」ボタンを押してください。

「アミノ酸に翻訳する。」ボタンが押されると、結果の画面が表示されます。

入力できる文字

表1に記載した文字が入力できます。こういうところで全角文字を使う人はあまりいないと思いますが一応全角文字も使えます。表1に記載していない文字は使えません。「5'」とか「3′」とか「>」とかその他余計なものを入れるとエラーになります。

設定項目: どちらの方向を翻訳しますか?

Forward strand は、入力された核酸配列をセンス鎖配列・mRNA配列とみなして翻訳します。 Reverse strand は、入力された核酸配列をアンチセンス鎖配列・鋳型鎖配列とみなして翻訳します。両方欲しいときは「両方」を選択してください。

設定項目: 翻訳結果であいまいなアミノ酸を表す「B, Z, J」を使いますか?

例えば入力された核酸配列が「RAC」であれば、「AAC または GAC」を意味するので、前者ならアスパラギンをコードし後者ならアスパラギン酸をコードします。『「B, Z, J」を使う』を選択すると、このようなときに翻訳結果として「アスパラギン または アスパラギン酸」を意味する「B」が出力されます。「Z」と「J」も同様で、それぞれ意味は表2に記載したとおりです。『「B, Z, J」を使わない（「X」にする）』を選択すると、今の例のような場合でも「X」が出力されます。

入力された核酸配列の中に「SWRYMKDH」のいずれの塩基も含まれないときは、この設定は翻訳結果に影響しません。

よくわからなければ、『「B, Z, J」を使わない（「X」にする）』を選択しておけば良いです。

結果の画面の見方

標準遺伝暗号に基づいて翻訳されたアミノ酸配列が「アミノ酸配列」欄に表示されます。標準でない遺伝暗号には対応していません。読み枠1〜3は Forward strand 、読み枠4〜6は Reverse strand です。出力される文字の意味は表2のとおりです。

「核酸の塩基配列」でチミン(T)とウラシル(U)が混在していてもエラーになったりせず黙って翻訳結果を出力します。「核酸の塩基配列」にあいまいな塩基を表す文字「SWRYMKVBDHN」が入力されたときは、1種類のアミノ酸または終止コドンに特定できる場合はそれを表す1文字が出力され、そうでない場合は「X」が出力されます。ただし『「B, Z, J」を使う』が選択された場合で「B」・「Z」・「J」のいずれかに該当するときはそれらの文字が出力されます。

「アミノ酸配列」の各欄の左の「コピー」ボタンを押すとその読み枠の結果がクリップボードにコピーされます。うまくいかないときは手動で結果の欄の全体を選択してコピーしてください。Windowsをご利用の場合はどれかの読み枠の欄の中のどこかにカーソルを合わせてからCtrl+Aを押せばその読み枠のアミノ酸配列全体を選択することができます。この欄は読み取り専用になっており手動で書き換えることはできませんので、コピーするときに手が滑ってキーを押してしまっても書き換わってしまう心配はありません。

その下の「核酸の塩基配列」欄には入力された核酸の塩基配列が表示されます。

続けて別の塩基配列を翻訳したいときは、「核酸の塩基配列」欄を書き換えて別の配列を入力してから「アミノ酸に翻訳する。」ボタンを押せば翻訳できます。いちいち最初の画面に戻る必要はありません。

「前回の配列に戻す。」ボタンを押せば書き換える前の「核酸の塩基配列」が復元されます。いったん「核酸の塩基配列」欄を書き換えてしまった後で、今表示されている「アミノ酸配列」欄が何の翻訳結果なのかわからなくなったときなどに有用です。

エラーメッセージ

表1に記載していない文字が入力されて「アミノ酸に翻訳する。」ボタンが押されたときは、エラーメッセージが表示されます。エラーの原因となった文字の一覧が紫枠内に表示されるので、それを参考にしてやり直してください。

紫枠内に文字が何も無さそうに見えるときは、見えない文字が混入しています。どこかからコピー&ペーストしてくるとそのようなことが起きやすくなります。その場合はコピー&ペーストしないで1文字ずつ手動で入力してください。