西田コンピューティングサービス

塩基アミノ酸翻訳ツール

核酸の塩基配列 : アミノ酸配列に翻訳したい核酸の塩基配列を入力してください。

どちらの方向を翻訳しますか?

翻訳結果であいまいなアミノ酸を表す「B, Z, J」を使いますか?

  • 核酸(DNA, RNA)の塩基を表す文字「GCATU」を入力してください。あいまいな塩基を表す文字「SWRYMKVBDHN」も入力できます。
  • 大文字と小文字のどちらでも入力できます。
  • 任意の位置にハイフンマイナス「-」やピリオド「.」や空白や改行を入力できます。翻訳の際にそれらは無視されます。
  • その他の余計な文字を入力するとエラーになります。
  • もっと詳しい使い方の説明はこの下に書いてあります。

詳しい使い方

操作の流れ

  1. アミノ酸配列に翻訳したい核酸(DNA, RNA)の塩基配列を「核酸の塩基配列」欄に入力してください。5′側から先に書いてください(3′側から先に書くと無意味な結果が出力されます)。
  2. 翻訳する方向を選択してください。
  3. 翻訳結果で「BZJ」の各文字を使うか否かを選択してください。
  4. 「アミノ酸に翻訳する。」ボタンを押してください。

「アミノ酸に翻訳する。」ボタンが押されると、結果の画面が表示されます。

入力できる文字

表1に記載した文字が入力できます。こういうところで全角文字を使う人はあまりいないと思いますが一応全角文字も使えます。表1に記載していない文字は使えません。「5'」とか「3′」とか「>」とかその他余計なものを入れるとエラーになります。

表1. このツールで入力できる文字とその意味
文字意味
G, , g, G (グアニン; guanine)
C, , c, C (シトシン; cytosine)
A, , a, A (アデニン; adenine)
T, , t, T (チミン; thymine)
U, , u, U (ウラシル; uracil)
S, , s, G または C
W, , w, A または T / U
R, , r, G または A
Y, , y, C または T / U
M, , m, C または A
K, , k, G または T / U
V, , v, G または C または A
B, , b, G または C または T / U
D, , d, G または A または T / U
H, , h, C または A または T / U
N, , n, G または C または A または T / U
〔空白〕, 〔改行〕,
-, , .,
塩基配列としては意味はありません。見やすくするため等の理由で任意の場所に入れることができます。

設定項目: どちらの方向を翻訳しますか?

Forward strand は、入力された核酸配列をセンス鎖配列・mRNA配列とみなして翻訳します。 Reverse strand は、入力された核酸配列をアンチセンス鎖配列・鋳型鎖配列とみなして翻訳します。両方欲しいときは「両方」を選択してください。

設定項目: 翻訳結果であいまいなアミノ酸を表す「B, Z, J」を使いますか?

例えば入力された核酸配列が「RAC」であれば、「AAC または GAC」を意味するので、前者ならアスパラギンをコードし後者ならアスパラギン酸をコードします。『「B, Z, J」を使う』を選択すると、このようなときに翻訳結果として「アスパラギン または アスパラギン酸」を意味する「B」が出力されます。「Z」と「J」も同様で、それぞれ意味は表2に記載したとおりです。『「B, Z, J」を使わない(「X」にする)』を選択すると、今の例のような場合でも「X」が出力されます。

入力された核酸配列の中に「SWRYMKDH」のいずれの塩基も含まれないときは、この設定は翻訳結果に影響しません。

よくわからなければ、『「B, Z, J」を使わない(「X」にする)』を選択しておけば良いです。

結果の画面の見方

標準遺伝暗号に基づいて翻訳されたアミノ酸配列が「アミノ酸配列」欄に表示されます。標準でない遺伝暗号には対応していません。読み枠1〜3は Forward strand 、読み枠4〜6は Reverse strand です。出力される文字の意味は表2のとおりです。

表2. 翻訳結果の文字とその意味
文字意味
Aアラニン (alanine)
Cシステイン (cysteine)
Dアスパラギン酸 (aspartic acid)
Eグルタミン酸 (glutamic acid)
Fフェニルアラニン (phenylalanine)
Gグリシン (glycine)
Hヒスチジン (histidine)
Iイソロイシン (isoleucine)
Kリシン (lysine)
Lロイシン (leucine)
Mメチオニン (methionine)
Nアスパラギン (asparagine)
Pプロリン (proline)
Qグルタミン (glutamine)
Rアルギニン (arginine)
Sセリン (serine)
Tトレオニン (threonine)
Vバリン (valine)
Wトリプトファン (tryptophan)
Yチロシン (tyrosine)
*終止コドン
Bアスパラギン または アスパラギン酸
Zグルタミン または グルタミン酸
Jロイシン または イソロイシン
X特定できない。

「核酸の塩基配列」でチミン(T)とウラシル(U)が混在していてもエラーになったりせず黙って翻訳結果を出力します。「核酸の塩基配列」にあいまいな塩基を表す文字「SWRYMKVBDHN」が入力されたときは、1種類のアミノ酸または終止コドンに特定できる場合はそれを表す1文字が出力され、そうでない場合は「X」が出力されます。ただし『「B, Z, J」を使う』が選択された場合で「B」・「Z」・「J」のいずれかに該当するときはそれらの文字が出力されます。

結果をどこかにコピーしたいときは結果の欄の全体を選択してコピー&ペーストしてください。Windowsをご利用の場合はどれかの読み枠の欄の中のどこかにカーソルを合わせてからCtrl+Aを押せばその読み枠のアミノ酸配列全体を選択することができます。この欄は読み取り専用になっており手動で書き換えることはできませんので、コピーするときに手が滑ってキーを押してしまっても書き換わってしまう心配はありません。

その下の「核酸の塩基配列」欄には入力された核酸の塩基配列が表示されます。

続けて別の塩基配列を翻訳したいときは、「核酸の塩基配列」欄を書き換えて別の配列を入力してから「アミノ酸に翻訳する。」ボタンを押せば翻訳できます。いちいち最初の画面に戻る必要はありません。

「前回の配列に戻す。」ボタンを押せば書き換える前の「核酸の塩基配列」が復元されます。いったん「核酸の塩基配列」欄を書き換えてしまった後で、今表示されている「アミノ酸配列」欄が何の翻訳結果なのかわからなくなったときなどに有用です。

エラーメッセージ

表1に記載していない文字が入力されて「アミノ酸に翻訳する。」ボタンが押されたときは、エラーメッセージが表示されます。エラーの原因となった文字の一覧が紫枠内に表示されるので、それを参考にしてやり直してください。

紫枠内に文字が何も無さそうに見えるときは、見えない文字が混入しています。どこかからコピー&ペーストしてくるとそのようなことが起きやすくなります。その場合はコピー&ペーストしないで1文字ずつ手動で入力してください。

プライバシーポリシー

2021年12月31日改定

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  • 今後の機能・性能改善のため、以下の情報をログとして記録します。
    • 入力された総文字数および総塩基数
    • 設定項目で選択された選択肢
    • エラーが発生した場合は、エラーメッセージの内容
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